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在建筑工程领域里，开发商与实施工程单位（包括实际施工人）签订以房抵顶工程款协议，是一种常见的拖欠工程款的解决方式，也是许多实施工程单位乐意接受的一种工程款清偿的变通方式。实施工程单位一旦与开发商签订了抵顶工程款的合同，该协议就具备工程款的结算合同关系和房屋买卖合同关系的双重特征。
一、以商品房抵顶工程款的合同，是建筑施工合同的补充合同，属于合同双方的自治意识，对合同双方具有同等的约束力。
在建设工程合同履行过程中，发包方拖欠承包方工程款不能及时支付，发包方与施工方通过协商后，签订合同约定以建成未出售或正在建设的房产抵偿工程款，实质上是发包方与承包方就建设工程合同的履行采取了变通方式。无论是建成未出售的房产还是正在建设的房产，都具有商业经济价值，发包方与承包方同意以双方都接受的价格，将具有商业经济价值的房产，作价抵顶工程款，是将货币履行方式变更为实物履行。就这一合同形式来看，双方并没有违反法律的强制性规定，法律认可这种合同的效力。
二、发包人与承包人签订的以商品房抵顶工程款合同，具有房屋买卖合同的性质，受交易合同法律关系的调整。
前面已经分析，发包方通过签订工程款抵顶合同将可出售的房产，以双方接受的价格抵顶工程款，这其实就是一种房屋买卖的交易行为。在商品房抵顶工程款合同中，买卖双方对交易的房屋的楼号、楼层、房间号及面积和交易的房产质量和价格都有明确的约定，这个约定虽然没用法定的商品房买卖制式合同，但交易双方使用自拟合同对房产进行交易，法律并未作强制性规定，这种特殊的房屋交易合同的效力是法律所承认的。
对于这种商品房交易合同，需要到税务机关纳税或办理商品房备案登记时，登记机关需要查证纳税凭证和制式商品房买卖合同，在绝大多数情况下，签订抵顶工程款的商品房买卖合同的双方，都会填写制式合同，并开具发票。当这种交易程序完成之后，抵顶工程款的房屋，就可以将产权过户给买受一方，双方交易完成。
三、发包人与承包人签订的以商品房抵顶工程款合同后，如果没有开具发票，也未办理商品房预售备案登记，则抵顶工程款的房屋交易没有完成，仍然属于发包方所有。
现实中经常能够正常的看到，承包方与发包方签订了以商品房抵顶工程款合同后，双方未开具正式发票，承包方也未就抵顶工程款的房屋向不动产登记机关办理商品房预售登记。
在这种情况下，承包方虽然持有与发包人签订的抵顶工程款合同，但合同中涉及的房产仅仅签订了一个抵顶工程款的协议，房屋并未交付，也没有开具发票，更未办理商品房预售备案登记。依照房子买卖“登记公示”原则，这种房屋仍然属于发包人所有，承包人持有抵顶工程款合同，只起到了一个债权凭证作用，而不能视为合同中约定的房产所有权已经转移。
发包方与施工方之所以在签订了抵顶工程款合同之后，施工方迟迟不办理产权登记的根本原因是，施工方并不想持有抵顶工程款的房屋，而是利用抵顶工程款合同，对抵顶工程款的房屋实施控制，在找到买家后，变现工程款。届时，将由开发商为施工提供开具商品房买卖的发票和缴纳房产交易税费事宜。
根据最高法院和各地法院的类案裁判观点，施工人仅凭工程款抵房协议，向法院申请执行异议的，不足以排除法院的强制执行措施。
施工方与发包方签订《房屋抵顶工程款协议》，目的是解决工程款的支付，这种合同一旦签订，发包方就负有向承包方交付抵账房产的义务，承包方也有向不动产登记机关办理产权过户的权利和义务。《房屋抵顶工程款协议》一般只解决了工程款的支付问题，并没有实现商品房买卖合同的目的。
根据最高法院《执行异议和复议规定》第二十八条“金钱债权执行中，买受人对登记在被执行人名下的不动产提出异议，符合以下情形且其权利能够排除执行的，人民法院应予支持：（一）在人民法院查封之前已签订合法有效的书面买卖合同；（二）在人民法院查封之前已合法占有该不动产；（三）已支付全部价款，或者已按照合同约定支付部分价款且将剩余价款按照人民法院的要求交付执行；（四）非因买受人自身原因未办理过户登记。”
这条法律规定的四项条件都得到满足时，合同约定的房屋权利才能真正属于买受人，若发生法院对案涉房屋执行的情况，才可以排除人民法院的强制执行。所以，工程承包人即使在法院查封前签订了以房抵顶工程款合同，但没有签订合法有效的商品房买卖合同，也未实际占房屋，也未申请不动产机关对抵顶工程款的房屋进行登记，因此，不享有排除法院强制执行的民事权益。
根据法律规定，建设工程价款优先受偿权从属于工程债权。而工程款优先受偿权一般在发生工程款争议时才能涉及到，所以，发包方与施工方签订的以房抵顶工程款协议，不属于工程款优先受偿的解决方式。
有些地方法院审理此类案件时会认为：只要抵顶工程款协议有效且符合一定条件，如已实际占有、支付全部或大部分房款等，就可以排除强制执行，有些法院则以是否办理案涉房产过户登记手续为排除强制执行的法定要件，即使施工人有抵顶工程款协议并实际占有了房屋，也难以排除强制执行。
所以，签订以房抵工程款协议并不必然能够排除强制执行。在真实的操作中，为保障自身权益不受损失，承包方在签订以房抵工程款协议后，要做以下几件事：
1、要签订正式的商品房买卖合同，签订商品房买卖合同时，一定要查明抵顶工程款的房产是否有法院查封的情况。
2、与开发商结算工程款和房屋销售价款，要求发包方开具不动产销售发票，完善纳税义务。
3、尽快办理房屋过户登记手续，如果一时没办法办理产权登记，应当及时办理商品房预售备案登记。如果不动产登记部门因为某一些原因不给办理，应该保留客观证据，以证明不能办理不动产登记或商品房备案登记的原因不在实施工程单位或实际施工人自身。
4、签订以房抵顶工程款后，要及时占有抵顶工程款的房产，即使施工人想把这处房产出售，也要及时占有并使用，使之发生相关的水电费用和物业费等。
当抵顶工程款的房屋发生 执行争议时，各方当事人应当遵循法律规定，在注重保护自身权益的同时，也要考虑到善意第三人的权益，以确保市场交易的公平和稳定。
其实国家法律不应规定工程款抵房的交易是合法的，因为后果是很严重的，会引发很多法律纠纷及社会的不稳定（无解的三角债关系、吃亏的是下游原材料供应商）~还会让市场发展功过与求~~
作者的观点有点不太全面：以房抵工程款后能不能对抗执行法院的强制执行，需要看申请执行人的权利阶位，如果是商品房的买受人，则不能对抗执行，如果只是普通金钱债权的申请人，则以房抵债的施工方有权对抗执行。
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